
In 1555 stichtte Jacques de Pons, baron van Mirabeau, leenheer van Hiers bij de haven Brouage een nederzetting, die naar hem werd genoemd: Jacopolis Brouage. Dit was nodig om de zeelui en handelaren onder te brengen, schepen te repareren en van proviand te voorzien.
De nederzetting groeide snel, aanvankelijk zonder verdedigingswerken, maar in de loop van de tijd werden die steeds groter en sterker. Vanaf 1568 werd ook Brouage betrokken bij de godsdiensttwisten. De oorlogen tussen protestanten en katholieken gingen hier vooral om de havenaccommodatie en de zoutopbrengsten.
Na een kleine eeuw van oorlogen werd de strijd uiteindelijk beslist door onderhandelingen.
Veel bewoners trokken weg naar het nieuwe Rochefort. De laatste die naam maakte in Brouage is de markies van Carnavalet.
Hij zettein de omgeving een enorme protestantenjacht in en nam iedereen die het Protestantisme niet wil afzweren in Brouage gevangen. In het jaar dat Carnavalet stierf, kwam Vauban naar Brouage om zowel de vesting te versterken, als de haven weer te verbeteren.
Maar het hielp allemaal niet meer. De nederzetting raakte steeds meer in verval.