Berlijn en omgeving werd al heel vroeg bewoond, zoals blijkt uit archeologische vondsten, maar pas in de middeleeuwen vormen zich twee plaatsjes aan weerszijden van de Spree: Cölln en Berlin.
De oudste vermelding van stadsrechten is van 1237 voor Cölln en van 1253 voor Berlin. De twee steden werkten nauw samen en groeiden uit tot een belangrijke handelsplaats. In 1307 sloten ze een defensief verbond tegen roofzuchtige ridders uit de omgeving en in 1359 werden ze lid van het handelsverbond Hanze. De landstreek Brandenburg en de steden Berlijn en Frankfurt leden grote schade van de voortdurende strijd tussen de ridders. De keizer stuurde Sigmund Frederik IV van Hohenzollern om de rust te herstellen. Deze werd keurvorst Friedrich I van Brandenburg. Zijn zoon, Friedrich II, liet in Cölln een slot bouwen, dat later uit zou groeien tot een keizerlijk slot.
Godsdienstige problemen bleven de stad niet bespaard. In 1524 werd door Joachim I de nieuwe leer van Luther verboden. Zijn zoon, Joachim II, werd echter Luthers. Vrijwel de gehele bevolking van Berlijn volgde zijn voorbeeld. De gevolgen van de 30-jarige oorlog (1618-1648) waren voor Berlijn, net als voor heel Duitsland, catastrofaal. Onder de Grote Keurvorst Friedrich Wilhelm werd de wederopbouw ter hand genomen. Hij nodigde Franse hugenoten uit zich in Berlijn te vestigen, nadat Lodewijk XIV het Edict van Nantes had herroepen.
Zijn opvolger, Friedrich I, kroonde zichzelf tot koning van Pruisen. Berlijn werd de koninklijke residentie. Hij breidde het Stadtschloss verder uit en voor zijn vrouw liet hij Schloss Charlottenburg bouwen. Bij zijn dood in 1713 was Berlijn uitgegroeid tot een stad van 60.000 inwoners, maar zijn bouwactiviteiten en zijn kostbare hofhouding hadden de stad danig verarmd.
Zijn opvolger, Friedrich Wilhelm I, ging zuiniger met de financiën om, maar had vooral belangstelling voor het leger. Niet voor niets kreeg hij de bijnaam Soldatenkoning.
Hij liet buitenlandse handwerkslieden komen om te helpen de economie te ontwikkelen. Zo ontstond in Potsdam de Hollandse wijk. Huizen met klokgevels waar Hollandse handwerkslieden woonden.
Zijn zoon, Friedrich de Grote (1740-1786), voerde een agressieve buitenlandse politiek. Als gevolg van drie oorlogen groeide Pruisen uit tot een grootmacht.
Berlijn, met zijn rijke hofhouding, werd het Athene aan de Spree genoemd en telde inmiddels 150.000 inwoners.
De regering van zijn opvolger, de dikke Wilhelm, duurde elf jaar. In die tijd werd de Brandenburger Tor gebouwd.
Tijdens de regering van Friedrich Wilhelm III (1797-1840) stortte de macht van Pruisen ineen. Men verloor veldslagen tegen Napoleon. Berlijn werd gedurende drie jaar door Franse legers bezet. Bij de vrede van Tilsit (1807) verloor Pruisen grote stukken van zijn gebied. In 1815 vond Napoleon zijn Waterloo en kreeg Pruisen zijn verloren gebieden terug. Berlijn was toen met 200.000 inwoners de derde stad van Europa.