In 1949 ontstond de DDR, met Oost-Berlijn als hoofdstad. Veel mensen vluchtten uit Oost-Duitsland naar het westen via Berlijn. In 1962 verklaarde de Sovjetunie de geallieerde status van Berlijn niet langer te erkennen. Het vrije personenverkeer in Berlijn werd aan banden gelegd. De Berlijnse muur werd opgetrokken. West-Berlijners konden slechts met een speciale vergunning naar het oostelijk deel reizen en andersom. Bovendien werd het verplicht gesteld geld te wisselen als men naar Oost-Berlijn wilde. Aanvankelijk was dit 3 mark per dag, later 25 mark. Resterend geld mocht men niet uitvoeren.
De DDR ontwikkelde zich steeds meer als socialistische staat, met als einddoel het Russische communisme. Het lukte echter niet om de culturele en materiële levensstandaard te verhogen. Ondanks de benauwde ligging groeide West-Berlijn echter uit tot een welvarende stad met een rijk cultureel leven. Een ware uitstalkast van het Westen.
In 1973 werd de DDR lid van de Verenigde Naties. Men ging met tal van landen diplomatieke betrekkingen aan. Af en toe was er toch sprake van een dialoog tussen de beide Duitslanden. Met name bondskanselier Willy Brandt zette zich hiervoor in. In 1970 ontmoette hij premier Willy Stoph in Erfurt, waar hij door een uitzinnige menigte werd toegejuicht. Het was in ieder geval een stap in de richting van normalisering van de onderlinge betrekkingen.
Nadat in de Sovjet-Unie Michael Gorbatsjov met zijn begrippen als glasnost (openheid) en perestrojka (herstructurering) aan de macht was gekomen, werden veranderingen onafwendbaar. De communistische macht in Polen werd uitgehold; Hongarije opende zijn grenzen naar Oostenrijk waardoor veel Oost-Duitsers naar het westen konden vluchten. Vooral goedgeschoolde vakmensen zochten zo de vrijheid.
Protesten en demonstraties werden steeds heviger en talrijker. Voor Erich Honecker en de Stasi werd het steeds moeilijker de zaak in de hand te houden. Op 4 november 1989 kwamen meer dan een miljoen mensen samen om te betogen voor vrijheid van meningsuiting en vrije verkiezingen. Men kon niet anders handelen, dan de muur te laten vallen. Op 9 november 1989, luttele weken na het 40-jarig jubileum van de DDR, konden west en oost elkaar weer ontmoeten. Vooralsnog mocht men alleen van oost naar west reizen. Andersom, zonder visum naar de DDR gaan, werd pas op 24 december 1989 mogelijk.
In november 1989 kwam de ommekeer. Men opende de grenzen naar het westen. Kort daarna viel de muur en Duitsland werd weer één land.
In februari 1990 ging bondskanselier Kohl zich in de Oost-Duitse politiek mengen. Hij richtte een 'Allianz für Deutschland' op, waarvan de CDU een bestanddeel werd. Bij verkiezingen van 18 maart 1990 bleek deze Allianz zo sterk, dat de oude bewindvoerders terug moesten treden. Op 1 juli werd de West-Duitse mark betaalmiddel. De wisselkoers van één op één was voor Oost-Duitse bedrijven echter niet zo gunstig, omdat de afnemers in het Oostblok de nieuwe prijzen niet meer konden betalen. Op 2 december 1990 volgden Bondsdagverkiezingen in heel Duitsland. De DDR bestond niet langer.
Toch blijven na een aantal jaren de verschillen tussen de twee bevolkingsgroepen nog groot.
De stad, die in 1999 volledig regeringscentrum van Duitsland werd, bruist intussen van leven en bouwactiviteiten.