Op 1 september 1939 vielen Duitse troepen Polen binnen. De Tweede Wereldoorlog was begonnen en breidde zich snel uit. In de nacht van 25 op 26 augustus 1940 vielen de eerste Engelse bommen op Berlijn. Britten en later ook Amerikanen voerden de bombardementen op. Tijdens de oorlog kwamen 49.600 mensen in de bommenregen om.
In april 1945 viel het Rode Leger de stad binnen. Hitler pleegde op 30 april 1945 zelfmoord en een week later capituleerde Duitsland.
Van Berlijn was uiteraard maar weinig meer over. Bijna een derde van de bevolking was gedood of gevlucht. Veel gebouwen lagen in puin of waren zwaar beschadigd.
Berlijn werd door de bezetters in vier zones verdeeld. Op de conferentie van Potsdam, in augustus 1945, werden nieuwe grenzen vastgesteld. Het gebied ten oosten van de rivieren Oder en Neisse werd Pools, terwijl Oost-Pruisen verdeeld werd tussen Polen en de Sovjet-Unie.
In de Sovjetzone werd een socialistisch-communistische maatschappijvorm opgebouwd: grond en bedrijven kwamen onder staatstoezicht. Ook in het onderwijs en de rechterlijke macht werden hervormingen doorgevoerd. De leiding noemde alle democratische ontwikkelingen in het westen een voortzetting van het fascisme.
Als gevolg van de koude oorlog ontstond er een verwijdering tussen Rusland aan de ene kant en de westelijke bezettingsmachten aan de andere kant.
Sinds juni 1945 werd Duitsland vanuit Berlijn bestuurd door de geallieerde controleraad. In 1948 verlieten de Russen deze raad. Amerika, Engeland en Frankrijk namen daarom tot september 1971 eenzijdig besluiten.
In 1948 werden alle toevoerwegen naar Berlijn door de Russen afgesloten. Deze blokkade vormde wereldnieuws, evenals de luchtbrug die door de geallieerden werd opgezet om de stad te bevoorraden. Berlijn werd gesplitst, elk deel met een eigen stadsbestuur.
In het westen werd in juli 1948 een grondwetgevend parlement in het leven geroepen. De verschillende deelstaten zouden een republiek met beperkte soevereiniteit vormen onder toezicht van de drie bezetters. Op 24 mei 1949 trad de nieuwe grondwet in werking, het begin van de BRD, de Bundesrepublik Deutschland.
Op 7 oktober 1949 volgde de stichting van de DDR, de Deutsche Demokratische Republik, met de hoofdstad Oost-Berlijn. De eerste president werd Wilhelm Pieck, de eerste premier was Otto Grotewohl. In een vriendschapsverdrag met Polen werd in 1950 de Oder-Neissegrens erkend. Kort daarna trad de DDR toe tot de Comecon en werd de planeconomie ingevoerd, met vijfjarenplannen naar Russisch voorbeeld. Erg succesvol was dit niet. In 1953 staakten de Berlijnse bouwvakkers, omdat ze de gestelde productie-eisen te hoog vonden, met als gevolg dat overal elders in de steden ook stakingen werden georganiseerd.
In 1956 werd de DDR lid van het Warschaupact. De banden met de communistische landen werden nauwer aangehaald.