Reeds vóór onze jaartelling had 'Burdigala' betekenis als overslaghaven voor tin uit Brittannië.
Onder de Romeinen werd Bordeaux een handelsstad. In de 4e eeuw werd het de hoofdstad van de Romeinse provincie Aquitania. Het was één van de belangrijkste culturele centra van Gallië, met onder meer tempels, een amfitheater en aquaducten. Overblijfselen daarvan zijn nu nog te zien.
Na de ondergang van het Romeinse Rijk raakte de stad in verval. Pas in de 7e eeuw kwam er weer een opleving. Men startte de bouw van de kerken, maar het duurde nog tot omstreeks het jaar 1000 voor Bordeaux hoofdstad werd van het hertogdom Gascogne.
Daarom ook was deze stad de plaats, waar Eleonora van Aquitaine in het huwelijk trad met de koning van Frankrijk Louis VII. Als erfdochter van de hertog kwam haar hertogdom nu onder de Franse Kroon. Maar Eleonora en Louis vormden niet het meest harmonieuze koppel.
Na haar scheiding kreeg zij alle ingebrachte bruidsschatten terug, dus ook haar hertogdom.
Door haar tweede huwelijk met Henri de Plantagenêt (later koning Hendrik II van Engeland) kwam de Aquitaine/ Gascogne in Engels bezit, een toestand die van 1154 tot 1453 bleef bestaan. In deze periode van bloei ontstond een levendige handel met Engeland. Tal van bouwwerken verrezen. De basiliek van de St. Michel werd in 1350 gebouwd. De kathedraal St. André werd uitgebreid en voorzien van een losstaande toren.
Nadat in 1453 de Engelsen waren verslagen, volgde voor Bordeaux opnieuw een periode van terugval en langzaam herstel. De 17e eeuw was door de pest en godsdienstoorlogen weer een slechte tijd.
De 18e eeuw daarentegen was een bloeiperiode, die vooral ook voor de ontwikkeling van het huidige stadsbeeld van betekenis is geweest. Onder meer de Jardin Public, de Place de la Bourse en het Grand Théatre werden aangelegd. Bordeaux werd een open en verluchte stad. Het werd een stad met brede lanen, majestueuze triomfbogen, een openbaar park en bovenal bouwwerken in zuiver klassieke stijl: het Parijs van het Zuiden.
Daar kwam een eind aan tijdens de Franse Revolutie. Bordeaux was de zetel der Girondijnen, tegenpolen van de Jacobijnen in Parijs. Nadat de Girondijnen monddood waren gemaakt legde het centrale gezag de handel in de stad bijna geheel stil. Het inwonertal dat in 1789 circa 110.000 bedroeg, liep in korte tijd terug tot minder dan 60.000.
De opkomst van de spoorwegen in de 19e eeuw en de handel met Afrika en Zuid-Amerika brachten nieuwe bloei. Het Gare de Saint-Jean is een van de grootste metalen stationshallen van Europa.
Bordeaux wordt ook wel de 'porte de la Lune' (de deur naar de maan) genoemd vanwege de halvemaanvorm van het oude stadsgedeelte, waarbinnen alles op loopafstand ligt. Het wapen van de stad bestaat dan ook uit drie in elkaar verstrengelde halve manen, in Bordeaux ook wel gekscherend de drie croissants genoemd.