
De abdij is gesticht in het jaar 1101 door Robert d'Arbissel, een priester afkomstig uit Bretagne. Hij werd geboren als zoon van een priester (in die tijd mochten priesters nog trouwen; zij konden hun functie aan hun zonen doorgeven).

Net in de tijd dat Robert leefde begon men dit gebruik in te dammen. Robert, die in Parijs theologie gestudeerd had, was een warm aanhanger van de nieuwe voorschriften, maar daar was niet iedereen blij mee. Hij werd dan ook verdreven. Maar Robert kon goed preken, en zo kreeg hij toch een hele schaar van leerlingen om zich heen. Toen Paus Urbanus in 1096 (na de inzegening van de kathedraal in Bordeaux) een reis maakte, ging hij naar een van de preken van Robert luisteren. Hij vond die zo goed, dat hij Robert tot Apostolisch preekheer benoemt.

Zo begint een leven van rondtrekken en preken en al heel snel verzamelt hij een grote groep van mannen en vrouwen om zich heen, die behoefte hebben aan inkeer. Men gaat in het dal bij Fontevraud wonen in plaggenhutten, rotswoningen en grotten. Maar de vrouwen vormen een probleem. Die moet hij ergens onderbrengen en daarvoor wordt het klooster Sainte Marie gebouwd, dat gefinancierd wordt met gaven van de graven van Anjou en de edelen uit de omgeving. Meerdere gebouwen komen tot stand; Saint Benoît voor de zieken, Saint Jean voor de mannen. Voor de armen en zelfs ook voor zondaars worden nog twee kloosters gebouwd: St. Lazaire voor de melaatsen en Sainte Madeleine voor de zondaressen.
De leiding van de abdij wordt door Robert aan een abdis opgedragen. Alle kloosterlingen zijn haar gehoorzaamheid verschuldigd. In de loop van de tijd ontstond het gebruik dat de verkiezing van een abdis de toestemming van de koning verkreeg. Zij had dan ook veel invloed, want bij grote problemen kon zij zich rechtstreeks tot de paus en de koning wenden. Het hoeft geen betoog dat de abdissen steeds vaker uit voorname kringen kwamen. Namen als Mathilde van Anjou, Renée en Louise de Bourbon (vijf uit die familie), Isabeau de Valois, Marie de Champagne en Blanche d'Harcourt. Allemaal abdissen uit voorname geslachten.
Dit had ook weer tot gevolg, dat veel jongedames uit adellijke kringen in de gemeenschap traden of in de abdij hun opvoeding genoten.
Alle abdissen (op twee na die elders stierven) zijn in de abdij begraven.
Tijdens de Franse revolutie kwam een einde aan de kloostergemeenschap: geloof immers was in de ogen van de revolutionairen uit den boze. De abdij werd geplunderd en brandde gedeeltelijk af. In de restanten werd later een gevangenis ondergebracht, die van 1804 tot in 1963 als zodanig dienst deed.