
In 1626 kregen artsen en apothekers van Lodewijk XIV toestemming om een tuin met geneeskrachtige kruiden in te richten.
In 1640 werd de tuin opengesteld voor het publiek; Franse plantkundigen reisden de wereld af om de collecties aan te vullen. Nu zijn er meer dan 10.000 verschillende soorten planten en bloemen. In de tuin is ook het Musée National d’Histoire Naturelle gevestigd, een museum van de evolutie van de mens en het dier met onder meer een skelet van een walvis. In 1734 bracht de plantendeskundige Jussieu in het geheim twee plantjes mee uit Engeland van een ceder uit Libanon. De pot brak echter en Jussieu stak de plantjes in zijn hoed en bracht ze zo mee naar Frankrijk. De grootste uitbreiding van de tuin kwam in 1739-1788 onder Buffon, (Rue Buffon naast de tuin) bijgestaan door Daubenton (rue Daubenton bij de moskee). Buffon kreeg nog tijdens zijn leven een standbeeld. De twee grote serres uit 1830 en 1833 herbergen planten uit alle werelddelen. De ménagerie (zoo) werd geopend in 1794. In 1827 trok de aankomst van de eerste giraf in Frankrijk hier duizenden bezoekers. De rozentuin telt meer dan 300 soorten. In de tuin bevindt zich een stuk van een sequoiaboom, in 1927 geschonken door mensen uit Californië aan de Franse soldaten. Deze boom is 2000 jaar oud en overspant zo symbolisch 2000 jaar Europese geschiedenis.