
Al in de tijd van de Noormannen werd er een fort gebouwd, het Château Rocca Fortis, om daarmee te voorkomen dat de Vikingen de Charente konden opvaren. Om de muren groeide een kleine nederzetting.
Colbert, minister onder Lodewijk XIV besloot in 1665 dat er een grote oorlogshaven op de westkust moest komen ter verdediging van Frankrijk tegen o.a. Engeland en Spanje. Brouage, hoewel een katholiek bolwerk tegenover het protestantse La Rochelle, had veel te veel last van verzanding en aanslibbing en viel dus af.
De plaats van de latere marinehaven Rochefort lag gunstig (24 km van zee aan de Charente), beschermd door Ile d'Oléron, Ile de Ré, Ile Madame en Ile d'Aix, en de landpunten van Fouras en Chapus, die gemakkelijk met een aantal forten en andere verdedigingswerken konden worden versterkt.
Er werd een totaal nieuwe militaire haven aangelegd met een arsenaal van dezelfde grootte als die van Toulon. Een neef van de minister werd belast met de uitvoering. Er werd ook een nieuwe stad ontworpen, volgens een Amerikaans aandoend ontwerp, met een rechthoekig grondpatroon, met relatief brede straten, omzoomd met gebouwen van twee verdiepingen, herenhuizen met fraaie gevels en smeedijzeren balkons. In 1671 telt de stad al 20.000 inwoners (nu 36.000) en in dat jaar lopen er al zo'n 15 oorlogsschepen van stapel.
De oorspronkelijk in hout opgetrokken stad werd in 1688 onder de intendant van de marine Michel Bégon geheel door stenen gebouwen vervangen. De begonia, een plant die door pater Plumier op de Antillen werd ontdekt, is naar Bégon genoemd. Van de versterkingen van toen is nu maar heel weinig meer over (een stuk muur bij de jachthaven en een uitkijktoren bij het postkantoor).
De stad speelt een lugubere rol ten tijde van de zuivering van de geestelijkheid in 1792 en de jaren daarna. Honderden geestelijken, die weigeren de eed op de wet op de burgerlijke status van de kerk af te leggen, werden gedwongen zich naar Rochefort te begeven, om van hieruit naar Frans Guyana te worden gedeporteerd. Op de Charente lagen twee aftandse oorlogsschepen op hen te wachten. Uiteindelijk werden ze over gebracht naar twee voormalige slavenschepen, de 'Washington' en de 'Deux Associés'. Ze werden tussendeks in groepen van 400 man opeengepakt. Erg slechte hygiëne en heel weinig voedsel maakten enorm veel slachtoffers onder de priesters.
Op zekere dag vertrokken de schepen uit Rochefort om eerst nog aan te leggen op de rede van Ile d'Aix. Onder de kreten 'Leve de Republiek' en 'Leve Robespierre' werd hier een deel der priesters op de brug neergeschoten. De overtocht liet nog steeds op zich wachten en toen er aan boord tyfus uitbrak en er dagelijks 10 tot 15 doden vielen dachten de gedeporteerden alleen nog maar aan overleven. De lijken werden eerst in zee gedumpt, later werden ze overgebracht naar Ile d'Aix en Ile Madame. De jonge priesters die gedwongen werden dit transport uit te voeren, werden zelf ook vaak slachtoffer. Tenslotte werden de overlevenden overgebracht naar Ile Madame, waar ze in 1795 werden vrij gelaten.