Het stadje Ouranoupolis is ontstaan doordat het klooster Vatopedi een stukje land afstond waarop zich 50 Griekse families vestigden die in 1922 uit Turkije waren gevlucht.
Vier jaren later volgden er nog meer vluchtelingen.
Sinds al heel vroegere tijden woonden er veel Grieken, zowel aan de kust als in het binnenland van Azië. Niet alleen Constantinopel en Smyrna hadden een groot aantal Griekse inwoners, maar ook de stadjes in het binnenland. In een redelijk goede verstandhouding leefden zij met hun Turkse landgenoten, terwijl zij hun eigen taal en godsdienst in ere hielden.
In 1914 was dat afgelopen.
Het Turkse leger startte met een deportatie van deze Griekse bevolkingsgroepen. In 1921 begon Griekenland een militair offensief tegen Turkije, wat echter een complete mislukking werd. Het gaf Turkije het excuus om op grote schaal wandaden tegen hun Griekse bevolking te beginnen. De volkerenbond maakte een plan om tot een totale uitwisseling te komen van de Griekse bevolking in Turkije tegen de Turkse bevolking in Griekenland. Intussen werden in Turkije hele dorpen vernietigd en de bevolking vluchtte met alleen wat zij dragen konden naar Griekenland.
Smyrna een stad met overwegend Griekse bevolking werd volledig vernietigd en vele inwoners gedood.
Griekenland zag zich voor het probleem gesteld om een half miljoen vluchtelingen te herhuisvesten. In hoofdzaak vond dit plaats in Thracië en Oost-Macedonië.
De vluchtelingen die zich vestigden op het stukje grond van het klooster Vatopedi waren afkomstig uit Caesaria en oorspronkelijk werkzaam als tapijtwevers of handelaars. De vluchtelingen die zich hier enige jaren later vestigden waren vissers van de Princeseilanden in de Profondis. Oorspronkelijk heette het nieuwe stadje dan ook Prosforion. Later in 1946 kreeg het stadje zijn huidige naam Ouranoupolis als herinnering aan het verdwenen stadje uit de oudheid met dezelfde naam. Het stadje lag volkomen geïsoleerd en was alleen per boot bereikbaar.
In 1959 legden de bewoners zelf een weg aan, zodat nu het plaatsje ook over land te bereiken is.