Eerst stond op de plaats van de St. Nicolaaskerk (Kostel Svathého Mikuláse) aan het Malostranské nám (Plein van de Kleine Zijde) een drieschepige gotische kerk, waar beroemde Boheemse predikers tijdens de godsdienststrijd voorgingen. In 1625 kregen de jezuïeten de beschikking over het gebouw, dat ze in de periode 1703-1756 tot een totaal nieuw Godshuis lieten herscheppen. Evenals bij de gelijknamige kerk in de Oude Stad speelde ook hier de bekende K.I. Dientzenhofer een belangrijke rol.
In het interieur vallen de plafondfresco's met St. Nicolaas (in het hoofdschip) en de H. Drievuldigheid (in de koepel) direct in het oog. De vier reusachtige beelden onder de koepel en het vergulde beeld van St. Nicolaas boven het hoofdaltaar werden gemaakt door de Praagse rococobeeldhouwer Ignaz Platzer, terwijl de barokschilder Karel Skréta het in een zijkapel hangende schilderij van het H. Kruis vervaardigde.
In 1629 brachten de jezuïeten het gotische Mariabeeld op het linker zijaltaar uit de Belgische bedevaartplaats Foyen naar Praag.